Mae staff adrannau ar draws y brifysgol wedi derbyn gwahoddiadau i gyfarfodydd “dyfodol academaidd”.
Dywed un ebost: “Rwy’n derbyn y bydd cyfarfod o’r fath yn achosi pryder.”
Mae’r neges yn cyfeirio staff at Raglen Cymorth i Staff, pe bai angen cefnogaeth.
Wrth siarad ar raglen BBC Radio Wales Breakfast, dywedodd Estelle Hart o undeb UCU Cymru bod rheolwyr Prifysgol Caerdydd wedi “achosi dyfalu trwy fethu â chyfathrebu”.
“Mae’n deg dweud bod y sector mewn argyfwng ond yr hyn rydym wedi ei weld yng Nghaerdydd yw diffyg ystyried opsiynau eraill gan reolwyr.
“Mae anfon ebyst yn gwahodd pobl i gyfarfodydd heb unrhyw rag-rybudd yn mynd i achosi pryder.”
Mae’n fwriad hefyd i gynnal cyfarfodydd mawr yr wythnos hon.
Dywedodd llefarydd ar ran Prifysgol Caerdydd: “Nid ydym yn ymateb i ddyfalu na honiadau dienw.
“Os oes unrhyw newidiadau yn cael eu cynnig, ein staff a myfyrwyr fydd y cyntaf i gael gwybod.
“Ni fyddwn yn rhoi sylw pellach ar hyn o bryd.”
